La Rectoría del Colegio Parroquial San Francisco de Asís, es la encargada de orientar la ejecución del Proyecto Educativo Institucional y aplicar las decisiones del Consejo Directivo.
Está conformada, desde el 2015, por el Presbítero Luis Eduardo Yepes Zuleta.
Algunas de sus funciones son:
- Mantener activas las relaciones con las autoridades educativas, con los patrocinadores o auspiciadores de la Institución y con la comunidad local, para el continuo proceso académico de la Institución y el mejoramiento de la vida comunitaria.
- Ejercer las funciones disciplinarias que le atribuyan la Ley, el Manual de Convivencia, el Manual de Responsabilidades.
- Promover actividades de beneficio social que vinculen al establecimiento con la comunidad.
