La Secretaría Académica es la encargada de diligenciar los libros reglamentarios del Colegio Parroquial San Francisco de Asís, tales como:
- Registro valorativo de alumnos
- Registro valorativo de logros
- Registro de matrículas
- Nivelaciones (validaciones)
- Hojas de vida de profesores y empleados
- Registro de títulos y actas de grado
- Correspondencia interna y externa
Además, algunas de sus funciones son:
- Validar con su firma las constancias, certificados, actas de grado, registros de títulos y demás documentos autorizados por el Rector.
- Expedir los certificados de estudio, tiempo de servicio, constancia y demás documentos que le sean solicitados.
Actualmente, la Secretaria Académica del Colegio Parroquial San Francisco de Asís es Natalia Tobón Higuita.