Esta dependencia está encomendada al Coordinador Académico y al Coordinador de Convivencia.
- La Coordinación Académica se encarga de dirigir la planeación y programación de la administración de alumnos y profesores de acuerdo con los objetivos y criterios curriculares.
- La Coordinación de Convivencia es la encargada de orientar y programar actividades para poner en práctica el Manual de Convivencia, los criterios y las políticas definidas en la operatividad del diseño curricular.
- La Coordinación académica y de Convivencia del Colegio Parroquial San Francisco de Asís, actualmente, está a cargo de Edwin Quiroz Muñoz y por la Auxiliar Administrativa Flor Zapata Zapata.
